Une convention a été établi entre Kilonga et la Fondation Mérieux. Celle-ci prend en charge les frais médicaux pour tous les enfants. Ils sont soignés à l'hôpital municipal.

En cas d'urgence toutefois, nous faisons appelle au médecin du quartier.

Ayant été malnutris dans leur petite enfance, les enfants sont souvent petits pour leur âge et ont une mauvaise dentition. Lorsqu'ils sont malades, c'est souvent d'une angine, d'une bronchite, ou parfois de la grippe.

Une petite pharmacie à la maison permet de soigner les plaies et les coups, ce qui est les plus fréquents de leurs maux.

Chaque enfant est suivi et possède un carnet de santé.